Prof. MUDr. Pavel Pafko, DrSc. (* 3. července 1940 Bratislava, Slovenská republika) je český chirurg, který v letech 1992–2010 působil jako přednosta III. chirurgické kliniky 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze a Fakultní nemocnice Motol.

Narodil se na Slovensku. Je předním chirurgem zabývajícím se transplantací plic. Vychoval řadu zručných chirurgů. V roce 1997 jeho tým uskutečnil první transplantaci plic v České republice. Působí v oboru hrudní a břišní chirurgie. V širší povědomí vstoupil chirurgickým odstraněním plicního nádoru prezidentu republiky Václavu Havlovi.